デジャヴ「罠だ！」。最後にトイレで集合したネブメンバー。モーフィアスが居る事から、このステージはサイファーがくしゃみをする直前にあたるシーンだと分かる。
ここに集まっているトリニティー、スウィッチ、エイポックの様子がおかしい。グニャグニャ傾いでおり、まともに見えないぞ。この様子は「電話をかけてジャックアウトする直前の、グラグラした様子」によく似ている。それにしても何故ここで？
地下鉄での対決。スミスから逃げ回る途中、鉄格子越しに赤いチョッキを着た謎の人物と出会う。そいつは「君はここの人間じゃない 奴らが来る前に行ってくれ」とネオに言う。スミスに乗り移られていたところから、プラグに繋がれた人間と思われる。
レッドピル救出のナレーション。「ネオを止められない機械は、候補者のリストを奪った」とナレーションが流れ、ゲームに入る。しかし、目覚めかけた人間を追う事は前からやっていた筈。わざわざこんな設定にした意味は判らない。
レッドピル救出→鍵。クラブ・ヘル内に、映画「レボリューションズ」では映らなかった謎のゴンドラあり。ダンス用の広いホールと、酒を出すカウンターがある部屋との境目、上方にあった。
レッドピル救出→鍵。部屋とクロークの間に、クロークから下へ下っていく長い通路がある。「ＣＬＵＢ ＨＥＬ」の看板と女が沢山つる下がっている。これも映画には出てこなかった。
レッドピル救出→司書。最後の大ホール前の部屋、逃げた司書の声が何処からとも無く響き、ネオはその声と話す。突然場面が変わり、彼女は割れた窓からぶら下がりネオはロフトの上。場面のつながりがヘン。
同部屋と同じような部屋が「ＮＧ集」の始めの方に入っているが、ＮＧ集のほうではゲーム本編には無い「アーキテクトの肖像」が架かっている。
レッドピルや船長、誰から助けるか選択できる。
結果。通路が二股になった所で、モーフィアスが右に行け、私に構わずキーメーカーを救うんだと言い出し、左の通路へ走る。ここでネオは左右どちらへも行けるが、行った先は必ずモーフィアスが居なくてキーメーカーだけが居る同じ場所。
最終決戦（ようこそアンダーソン君）にはいる前の長いながぁ〜いムービーに、折角のかっこいいシーンが入っていない。「スミスがオラクルを取り込むシーン」が。さらに、ようこそアンダーソン君冒頭でスミスは、「既に結末を見た」と言わない。まァ…これはゲームの尺の関係で削られただけかもしれないが。
ステージ選択画面。「空中戦」と「この世界はわたしのものだ」の間に空白が。時間軸から考えると、二つの間にあるべきは、映画「レボリューションズ」で物議を醸したネオ上書きシーンだろうか。そこに空白。なんだこれは。
ここに隠しステージが有るか無いかをわたしは知らないが、もしここが本当に只の空白だとすると…「この世界はわたしのものだ」の前に置く筈だった正規のステージ・ネオの最期を敢えてカットし、しかもあからさまに「カットしてやったわい！」と言っている、そんな風にも見える。